Aleksej var sønn av Peter den store og Eudoxia Lopukhina, Peters første kone . Ble gift med Princess Charlotte av Brunswick-Wolfenbüttel. Charlotte´s familie var koblet til mange av de store familiene i Europa, og Peter ville gjerne få sine barn koblet til kongehus og fyrster i Europa. De hadde to barn sammen, Natalia Romanova (1714-1728) og Peter Romanov (1715-1730). I den perioden barna ble født, fant Aleksej sin finske elskerinne Afrosina.
Han reiste tilbake til Moskva for å møte sin far, tsar Peter den Store som var fly forbannet fordi Aleksej hadde rømt Russland og søkt tilhold hos den Østerriske keiser Charles VI, som var hans svoger. Charles VI var gift med søsteren til Charlotte, Elisabeth.
Etter at Peter Tolstoi hadde overtalt Aleksej til å komme tilbake til Russland, møtte han sin far i Moskva. Det tvang Peter den Store ham til å gi fra seg tronen for at han skulle bli benådet. Noe han aksepterte.
Peter forhørte Aleksej over lang tid fordi han mistenkte han for å planlegge å drepe han. Aleksej hatet sin far og han innrømmet tilslutt at han hadde planlagt å myrde Peter, sammen med hæren.
Peter torturerte ham med flere piskeslag over flere dager.Peter dømte sin sønn til døden for “avskyelig dobbelt fadermord, mot landsfaderen og sin biologiske far”.
På dette tidspunktet var Aleksej allerede døende, sannsynligvis etter alle slagene med knutepisken. Han døde den 26.juni.1718.